L'histoire des Iles Ioniennes se perd dans les profondeurs des siècles. Les premiers habitants de l'époque Paléolithique, ont laissé des traces de leur présence principalement a Céphalonia et Corfou. 'A l'époque Néolithique, les Iles Ioniennes ont des contacts avec la Grèce et l'Italie du Sud. La première Grecs apparaissent dans l'Age de Bronze. Comme en témoignent les découvertes et la civilisation Minoenne qui atteint les îles Ioniennes.

Les épopées Homériques sont les premières preuves de la culture de la mer Ionienne. L'Odyssée, les aventures du légendaire Ulysse, donne à la fois des descriptions précises, afin que soit considéré qu'il est le premier navigateur de la Méditerranée orientale. En identifiant les descriptions de l'Odyssée avec les régions actuelles, certains estiment que les Othoniens, dans le Nord-Ouest de Corfou, est l'île de Calypsos. Au canal de Lefkada est placé Scylla et Haryvdi et tous conviennent que Corfou était l'île des Faiakon.

Dans les temps historiques, Corfou est une grande puissance économique et navale avec ses propres colonies. En 472 avant J.-C., a lieu une guerre civile la premiere dans l'histoire. Au 2ème siècle avant JC, les îles Ioniennes, passé à la domination Romaine et suivent le chemin de Rome.

Jusqu' en 1814, ils appartiennent aux Français de Napoléon. De 1815 jusqu'en 1864 sont sous Protection Anglaise. Durant cette période, en 1824, en commence a fonctionner l'Académie Ionienne, la première Université Grecque. En 1864, il rejoingne la Grèce qui est libre maintenant et suive le sort des guerres mondiales. En particulier, dans la Seconde Guerre Mondiale, les îles Ioniennes ont payé un prix lourd tribut et en bâtiments, mais aussi en vie humaine.