La région de la Cannée fut habité continuellement depuis l'époque néolithique jusqu'a aujourd'hui. Au cours de la civilisation Minoenne (2600-1100 avant JC), a l'endroit de "Kastelli", se trouvait l'ancienne ville de "Kydonia", une des ville- états autonome la plus grande et la plus puissante de l'époque. Après la destruction de la civilisation Minoenne Kydonia est colonisé, comme toute l'île, par les Achéens, puis par les Doriens et en 69 avant JC par les Romains.

La A' période Byzantine (330-824 près J.C.) Kydonia a été un siège épiscopal de la région jusqu'en 824 après J.C. qui fut détruite par les Sarrakinous. A cette période,de l'Occupation Arabe (828-961) après J.C. apparaît la racine du nom de lieux la Cannée. En 961 après JC la Crète fut libérée par le général de Byzantin Nikiforo Phocas et passe la B' Période Byzantine. La citée de Kydonia demeure un important centre militaire et la colline de Kastelli est périmètriquement fortifié. Une partie de la muraille Byzantine a été sauvée jusqu'a aujourd'hui. Dans la quatrième Croisade en 1204 après J.C., avec la dissolution de l'état Byzantin la Crète a été donnée à la Sérénissime République de Venise, et est initialement divisé en six et plus tard en quatre grandes périphéries. L'une d'elle est la periphérie de la Cannée (Canea) avec centre la Cannée.

En 1252 Venise a décidé de coloniser la ville de la Cannée. Les Vénitiens ont été initialement installés sur la colline de Kastelli, dans l'enceinte Byzantine,ou ils ont formé une nouvelle colonie. Aux pieds de la coline se sont développées des qui plus tard, on remfermé les nouvelles murailles Venitienne. La ville et son port, le deuxième en importance du Royaume Venitien de Crète, après Handaka (aujourd'hui Héraklion), a été un centre commercial important avec des installations importantes de protection de la flotte. En 1645, après deux mois de siège, la Cannée est livrées aux Turcs, et en 1669 l'ensemble de la Crète est sous Occupation Turque. La ville de la Cannée connais une nouvelle prospérité économique, puisque se développe une importante activité dans le commerce de produits locaux.

La Révolution Crétoise de 1897 a eu comme résultat la possesssion entière de la Crète par les grandes puissances, l'Angleterre, la France et la Russie. Centre de l'action de ces événements ont été la Cannée. L'armée Turque se retire de la Crète en Novembre 1898 et simultanémént délaissent l'île la moitié de la population musulmane. Avec la création de la semi-autonome "l'Etat Crétois " en 1898, la Cannée connaît la plus grande prospérité dans l'histoire comme capitale de la Crète et de vivre intensément dans les nouvelles circonstances. Après l'union de Crète avec la Grèce (1913) la Cannée reste la capitale de l'île et c'est la période que commence la croissance et le développement systématique de la ville de la Cannée en dehors des murailles.Pendant cette période sont démoli peu à peu certaines parties de la muraille et d'importants bâtiments . Pendant la Seconde Guerre Mondiale, une grande partie de la ville fortifiée fut détruite par les bombardements.

Aujourd'hui, la ville dans les murailles a été désigné comme "monument classé historique" et des tentatives de conservation sont faite pour la valorisation.