In der Antike waren die Kykladen Stein des Anstoßes vieler Machtkämpfe zwischen Eindringlingen aus dem Mediterranen Raum. Zu Beginn übernahmen die Phönizier und die Karer die Herrschaft. Es folgten die Minoischen Königreiche aus Kreta, bevor alles erneut an die Karer fiel. Die Ionier wurden von den Dorern abgelöst.

Zu Beginn der Perserkrieger wurden die Kykladen erneut belagert, was bis zum zweiten persischen Feldzug anhielt. Während dieser Ziet vereinten die Inseln ihre Streitmächte gemeinsam mit jenen von Athen. Die Situation war unstabil. Im Peloponnesischen Krieg sympathisierten die Kykladen mit den Lakedämoniern.Dieser Bund wurde mit der Niederlage Spartas 375 v. Chr. aufgelöst.

Die Kykladen blieben weiterhin unter wechselnden Belagerungen durch die Makedonier, Römer, Gothen, Slawen, Sarakiner und den Türken, bevor sie nach der griechischen Revolution 1821 schließlich Griechenland zuerkannt wurden.