Menschliche Präsenz auf der Insel kann bis in die Mittelsteinzeit (rund 8000 Jahre v.Chr.) nachgewiesen werden.

Die ersten Bewohner waren wahrscheinlich Phönezier zur Zeit in der in Milos Obsidian gefunden wurde. Hinweise in der Franchthi Höhle auf dem Peloponnes (7000-8000 v. Chr.) und in den Palästen von Kreta (7.000 v. Chr.) zeigen, dass Milos seit vorgeschichtlicher Zeit hatte begonnen zu entwickeln sich zu entwickeln.

Dank der strategischen Lage zwischen dem griechischem Festland und der Insel Kreta, dem sicheren Hafen und hauptsächlich auf Grund des Obsidan - Exports war Milos eine der ersten ägäischen Inseln die kulturell aufblühte und sich zu entwickeln begann.

Die verstreuten Hütten in denen die Menschen während der Jungsteinzeit gelebt haben, haben sich zu grösseren Gemeinden zusammen gefasst und bildeten schließlich sie Siedlung bei Phylakopi. Abgesehen davon das Phylakopi ein wichtiges kulturelles Zentrum der Kykladen war, ist Phylakopi zugleich eine der ersten Städte mit einer über 1500 Jahre alten Geschichte. Die Siedlung wurde seit 3000 v. Chr. Bewohnt und ca. 1.100 v. Chr schliesslich aufgegeben.

Nach der Aufgabe von Phylakopi ließen sich dorische Siedler aus Lakonien auf der insel nieder und vereint mit den vorherigen Bewohnern erbauten sie eine neue Stadt im esten des heutigen Klima.

Die Bewohner sicherten ihre Stadt mit Mauern die bis ans Wasser reichten befestigt und bauten grosse öffentliche Gebäude wie das antike Theater, sa Aquädukt, Marktplatz, Tempel und Friedhof was zu starker wirtschaftlicher sowie kultureller Entwicklung führte.

Die Keramik mit den berühmten "Melian Amorphen" mit Elementen aus der griechischen Mythologie, Bildhauerei, in Stein gehauene Dichtungen, filigrane Juwelierarbeit, geprägte Münzen mit zunächst nur dem Symbol eines Apfels.

Mit dieser kulturellen Entwicklung hat sich auch zeitgleich der Handel weiter ausgedehnt, der Baugbau und somit der Abbau von Mineralien hat sich weiter entwickelt und das heimische "Milian -" Alphabet, von dem auch heute noch überbleibsel in Grabsteinen erhalten sind, hat sich entwickelt.

Während den persischen Kriegen kämpften die Einwohner von Milos gemeinsam an der Seite der Griechen.

Sie nahmen an der Schlacht von Salamis teil (480 v. Chr), sowie and der Schlacht von Plataea (479 v. Chr.) in der sie an der Seite der Spataner kämpften. Im peloponnesischen Krieg allerdings wurde eine neutrale Haltung eingenommen.

Aufgrund der Ablehnung zur Aufnahme in die Ather Liga folgte eine Monate lange Belagerung die für die Bevölkerung in einer Katastrophe endete.

Um die Mitgliedschaft in der Allianz zu erzwingen wurde im Jahr 426 v. Chr. General Nicias von den Athenern mit 60 Triremen und 2000 Kanonieren nach Milos gesandt. Trotz der Schäden konnte die Insel nicht besetzt werden. Erst 10 Jahre später konnte Athen, geführt durch Klemodes und Tisia, mit 3000 Mann fast zwei Jahre lang Milos belagern. Sie zerstörten die Stadt, töteten die meisten Männer und verkauften Frauen und Kinder als Sklaven.

Mit dem Ende des Krieges und dem Sieg durch die Spartaner, kamen im Jahr 403 v. Chr. die überlebenden zurück auf die Insel und begannen mit dem Wiederaufbau der zerstörten Stadt.

Wie auch alle anderen Inseln der Kykladen ging auch Milos nach 311 v. Chr. in die Herrschaft der Mazedonier gefolgt von den Antigoniden und ptolomäischen Ägyptern über


Mit der Zeit in der Freiheit und Sicherheit die See beherschten brach für Milos eine neue Periode des Wohlstands und Reichtums an die sich in der Münzprägung sowie in der Erschaffung grosser Kunstwerke, wie die Statue des Neptun und der berühmten Venus ausdrückten.

Durch Besatzung der Römer, den verstärkten Abbau und die Vermarktung von Bodenschätzen, schritt die wirtschaftliche und kulturelle Entwicklung der Insel weiter vorran. Die Künste gediehen. Verzierte Statuen ("Markou tou Trofimou") mit bildhaften Köpfen und Gesichtsmerkmalen wurden geschaffen und die Inseln wurde von einem antik-römischen Theater geschmückt.

Die Entwicklung der Insel während der römischen Invasion durch die Erhaltung des Friedens und der weiteren Ausbeutung und Vermarktung von weiteren Bodenschätze. Die Künste gedeihen, zeichnen sich durch Statuen verziert (wie die "Markou tou Trofimou") und bildliche Köpfe, und dieses Mal die Insel mit demgeschmückt ist antik-römischen Theater.

"Tramythia" wurde zum Stadtzentrum. Im Jahr 1896 wurde ein einzigartiges Mosaik mit Motiven von Fischen und Wild-Tieren, das den Boden des Heiligtums von Dionysus schmückte, entdeckt.

Zu jener Zeit, ab dem 1. Jahrhundert n. Chr. begann sich das Christentum auf der Insel rasant auszubreiten und frühchristliche Katakomben wurden für die Bestattung der Toten in die Felsen gehauen.

Nach der Ost- West Trennung des römischen Reiches, ging Milos an das Byzantinische Reich über.

Die wichtigsten und wohl geschichtsträchtigsten Ereignisse fanden zwischen dem 5. und 6. Jahrhundert statt. Die ehemalige Hauptstadt Klima wurde aufgrund der vielen Invasionen und Erdbeben aufgegeben.

Vom 8. bus zum 9. Jahrhundert herrschte der Krieg der Ikonen in dem sich die Bevölkerung von Milos gegen die Zentralregierung in Konstantinopel auflehnte, welchen den Aufstand allerdings niedergeschlagen konnte.

Nach dem Fall Konstantinopels durch die Franken reihte sich Milos, wie auch die meisten Inseln der Ägäis in das Herzugtum Archipelago unter Marco Sanudo ein und das feudale Zeitalter begann.

Auf Grund der Unzufriedenheit mit dem feudalem System und dessen einhergehender Ausbeutung der Landwirte endete im Jahr 1268 die Situation mit dem Ausbruch der Revolution.

Darauf folgte die Cripsi-Dynastie bis 1566. Während der Kastro-Dynastie wird die alte Hauptsadt aufgegeben und und nach Zefiria in Milos verlegt.

Zu jener Zeit ist Milos die Basis von Piraten und dem Reich des östlichen Mittelmeers (Venedig) ist es unmöglich Kontrolle über die Piraten zu gewinnen. Im Jahre 1537, im Namen der Türken, reißt der berühmte Pirat Chairentin Barbossa die Kontrolle über die Insel an sich.

Relativ glimpflich kam Milos während der osmanischen Herrschaft davon, denn die Türken blieben nicht dauerhaft auf der Insel, lediglich die Steuern wurden durch die ihre Komissare eingetrieben. Allerdings nahmen Plünderungen ausgehend von sarazenischen Piraten zu.

Die türkische Herrschaft endete durch das Erscheinen der Russen im Jahr 1770, stellte sich allerdings nach einigen Jahren wieder ein.

Milos war die dritte Insel griechische Insel die am Aufstand gegen die Türken teilnahm. Am 11. April 1821 fand die erste Seeschlacht im Hafen von Adamas statt.

1830 wird Milos offizieller Teil Griechenlands. Während der Balkankriege verlohren viele Einwohner ihr Leben. Im ersten Weltkrieg diente Adamas als Marinestützpunkt um den östlichen Mittelmeerraum gegen deutsche U-boote zu sichern. Im zweiten Weltkrieg wurde die Inseln 1941 von den deutschen besetzt.