Το Ηράκλειο είναι η πέμπτη σε μέγεθος πόλη της Ελλάδας. Στην περιοχή της πόλης του Ηρακλείου υπάρχουν οικισμοί από τη Νεολιθική Περίοδο. Αν και στην πόλη έχουν βρεθεί λίγα ευρήματα που να το αποδεικνύουν αυτό, πιστεύεται ότι ήταν λιμάνι της Κνωσού. Οι Σαρακηνοί κατέκτησαν την πόλη το 824 μ.Χ. και τη μετονόμασαν σε El Khandak (Φρούριο της Τάφρου) όταν έχτισαν τη μεγάλη τάφρο γύρω απ' αυτήν. Η πόλη του Ηρακλείου ανακαταλήφθηκε από τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία το 961 μ.Χ. μετά από πολλές αποτυχημένες προσπάθειες. Διακόσια χρόνια μετά η Αυτοκρατορία διαλύθηκε από τους Σταυροφόρους που ανέλαβαν τη διακυβέρνησή της και η διακυβέρνηση της Κρήτης εκχωρήθηκε στους Ενετούς για 1.000 νομίσματα από ασήμι.

Κατά τη διάρκεια της Ενετοκρατίας οι τέχνες άνθισαν και η "Κάντια", όπως τη μετονόμασαν οι Ενετοί, έγινε κέντρο των γραμμάτων και των τεχνών. Πολλοί διανοούμενοι και καλλιτέχνες βρήκαν καταφύγιο εκεί μετά την πτώση της Κωνσταντινούπολης το 1453.

Οι Ενετοί άρχισαν την κατασκευή του φρουρίου της πόλης το 1462 και τους πήρε πάνω από ένα αιώνα να το τελειώσουν. Τα τείχη είχαν μήκος πάνω από 4 χιλιόμετρα. Το σχήμα τους ήταν τρίγωνο και είχαν επτά προμαχώνες. Οι Ενετοί έχτισαν το λιμάνι και αρκετά κτίσματα υπέροχης αρχιτεκτονικής.

Η στρατηγική σημασία των οχυρώσεων αποδείχτηκε όταν η πόλη πολιορκήθηκε. Η πολιορκία από τους Τούρκους κράτησε 21 χρόνια και ήταν μια από τις μεγαλύτερες στην ιστορία. Η τελική παράδοση έγινε το 1669 αφού είχαν σκοτωθεί 100.000 Τούρκοι και 30.000 Ενετοί.

Η τουρκική κατοχή δυσανασχέτησε πολύ τους Κρητικούς λόγω του αναγκαστικού προσηλυτισμού στο Ισλάμ. Από το 1820 κι έπειτα, συνεχής ανταρτοπόλεμος διεξαγόταν εναντίον των Τούρκων.

Το 1898 οι Μεγάλες Δυνάμεις ανακήρυξαν τη Κρήτη ως ανεξάρτητη "Κρητική Πολιτεία" υπό τη κυριαρχία του Σουλτάνου. Ωστόσο, οι αυθαιρεσίες του Αρμοστή Πρίγκηπα Γεώργιου, προκάλεσαν την οργή των Κρητικών που το 1905 εξεγέρθηκαν εναντίον του πραγματοποιώντας τη περίφημη "Επανάσταση του Θέρισου". Αποτέλεσμα ήταν να αναγκαστεί σε παραίτηση ο παλιός αρμοστής και να οριστεί νέος ο Αλέξανδρος Ζαϊμης.

Ο πληθυσμός του Ηρακλείου αυξήθηκε μετά το 1913 που πραγματοποιήθηκε η Ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Λόγω της στρατηγικής του θέσης έγινε στόχος για τις γερμανικές δυνάμεις εισβολής το 1941. Ο γερμανικός βομβαρδισμός κατά τη διάρκεια της Μάχης της Κρήτης προκάλεσε μεγάλες καταστροφές και μετά τον πόλεμο η πόλη ξαναχτίστηκε σε μεγάλη έκταση.

Αρχικά η πρωτεύουσα της Κρήτης ήταν τα Χανιά. Το διοικητικό κέντρο της Κρήτης μεταφέρθηκε στο Ηράκλειο το 1971.