Το Μουσείο άνοιξε τον Σεπτέμβρη του 2008 και στεγάζεται πάνω από το λιμάνι του Αδάμαντα, στο κτίριο της παλιάς Κοινότητας του νησιού. Δημιουργήθηκε από τις προσπάθειες του γιατρού Πέτρου Αρμένη να συγκεντρώσει πλήθος εκθεμάτων σχετικών με τη ναυτική δραστηριότητα στη Μήλο. Τα εκθέματα ξεκινούν από την προϊστορική εποχή, με εργαλεία από οψιδιανό, προχωρούν στην ναυμαχία της Σαλαμίνας και καταλήγουν στα νεότερα χρόνια.

Στο Ναυτικό Μουσείο έχετε την ευκαιρία να δείτε επίσης σπάνιους χάρτες, από τα χέρια ειδικών χαρτογράφων, και τη φημισμένη ξυλόβαρκα «Ειρήνη».

Το Αρχαιολογικό Μουσείο Μήλου βρίσκεται στην Πλάκα και στεγάζεται σ' ένα όμορφο νεοκλασικό κτίσμα του Ernst Ziller. Στο μουσείο μπορείτε να θαυμάσετε τις εξής συλλογές:
• Προϊστορική συλλογή από τη Φυλακωπή
• Συλλογή γλυπτών και ανάγλυφων
• Συλλογή οψιδιανού
• Συλλογή επιγραφών

Στην είσοδο του Μουσείου (Αίθουσα Α) , δεσπόζει το πιστό αντίγραφο της Αφροδίτης της Μήλου, το οποίο κατασκευάστηκε από το εργαστήριο του μουσείου του Λούβρου. Στο αριστερό τμήμα της αίθουσας μπορείτε να δείτε προθήκες με λεπίδες, φολίδες και απολεπίσματα οψιδιανού από τη Φυλακωπή, τα Νύχια και το Δεμεναγάκι. Επίσης, στη ίδια αίθουσα έχετε την ευκαιρία να δείτε έναν ταφικό πίθο του 6ου αιώνα π.χ.

Προχωρώντας στην αριστερή αίθουσα (Αίθουσα Β) μπορείτε να δείτε τα προϊστορικά αντικείμενα, από 5η χιλιετία ως τέλος 2ης χιλιετίας π.Χ. Εκεί θα συναντήσετε προθήκες με ευρήματα ανασκαφών από την αρχαία Φυλακωπή, πολλά αγγεία με ζωγραφισμένα κρίνα, ειδώλια, πώρινο βωμό από το ιερό της Φυλακωπής, μικρή συλλογή μαρμάρινων πρωτοκυκλαδικών ειδωλίων και την διάσημη «Kυρά της Φυλακωπής»

Στην μικρή αίθουσα πίσω από την είσοδο (Αίθουσα Γ) θα συναντήσετε έργα γεωμετρικά, αρχαϊκά, κλασικά, Ελληνιστικά και Ρωμαϊκά, αρκετά νομίσματα, εργαλεία και χρηστικά αντικείμενα.

Τέλος, προχωρώντας στην αίθουσα δεξιά της εισόδου (Αίθουσα Δ'), θα δείτε ευρήματα από την αρχαία πόλη του Κλήματος, αρκετά γλυπτά της Ελληνιστικής και Ρωμαϊκής περιόδου (Ερμαϊκό άγαλμα του Μάριου Τρόφιμου, επιτύμβιο ανάγλυφο νέου με υπηρέτη κλπ), μαρμάρινα αναθηματικά και πλάκες με το αρχαϊκό μηλιακό αλφάβητο (Λόγω της μεγάλης ακμής που είχαν φτάσει οι Μήλιοι στην ιστορική περίοδο είχαν αναπτύξει το δικό τους «Μηλιακό αλφάβητο», που αποτελούταν από 21 γράμματα).

Πίσω από την εκκλησία της Παναγίας της Κορφιάτισσας στην Πλάκα, θα βρείτε το Λαογραφικού & Ιστορικό Μουσείου Μήλου. Το μουσείο ιδρύθηκε το 1967 από την «Ένωση των εν Aθήναις Mηλίων» και σε αυτό έχετε την ευκαιρία να μάθετε για τη ζωή των Μηλίων μετά τον 17ο αιώνα (κυρίως από το 1850 μέχρι το 1930, που ήταν μία περίοδος ακμής για την Μηλιακή κοινωνία).

Με την επίσκεψή σας σε αυτό το μουσείο θα ταξιδέψετε σε μία άλλη εποχή, μιας και θα δείτε πώς ήταν ένα αστικό Μηλέικο νοικοκυριό του 19ου αιώνα. Το μουσείο δεν αποτελεί πιστή αναπαράσταση ενός τύπου μηλέικου νοικοκυριού, αλλά με αφετηρία συχνά ετερόκλητα αντικείμενα, φωτίζονται οι πτυχές της ζωής των κατοίκων εκείνης της εποχής: οι ασχολίες τους εντός και εκτός του σπιτιού, οι επιρροές από άλλους τόπους, οι διατροφικές και ενδυματολογικές προτιμήσεις τους, ο τρόπος που διασκέδαζαν, η οργάνωση του χώρου και του χρόνου τους και η αξιοποίηση των τοπικών πόρων.

Στο διώροφο αυτό μουσείο αποτελείται από το σαλόνι και τα μοναδικά εκθέματα που υπάρχουν σε αυτό, από το χώρο εργασίας όπου βρίσκεται ο αργαλειός, από την κουζίνα του σπιτιού, το υπνοδωμάτιο, το κελάρι (που χρησίμευε και ως αποθήκη των αγροτικών προϊόντων), και από το υπερώο που αποτελεί ένα ιστορικό αρχείο. Μέσα σε όλα αυτά τα δωμάτια μπορείτε να θαυμάσετε επίσης, έπιπλα, υφαντά, κεντήματα, ενδυμασίες εκείνης της εποχής, σκεύη για το σπίτι διακοσμητικά και καθημερινά αντικείμενα καθώς και παλιές φωτογραφίες.

Το Μεταλλευτικό Μουσείο Μήλου, αστική μη κερδοσκοπική εταιρία, δημιουργήθηκε από την S&B Bιομηχανικά Ορυκτά Α.Ε. το 1998 με στόχο να τιμήσει και να προβάλει τη μεταλλευτική ιστορία καθώς και τη γεωλογική και φυσική κληρονομιά της Μήλου.

Στην αίθουσα του ισογείου παρουσιάζεται η κοινωνική, οικονομική και τεχνολογική διάσταση της μεταλλευτικής ιστορίας και παράδοσης της Μήλου. Η έκθεση του πρώτου ορόφου είναι αφιερωμένη στο φυσικό και γεωλογικό πλούτο του νησιού, όπου παρουσιάζονται τα ορυκτά που εξορύσσονταν στο νησί από τη νεολιθική εποχή μέχρι και τα σημερινά βιομηχανικά ορυκτά, με ιδιαίτερη έμφαση στις χρήσεις τους στην καθημερινή μας ζωή. Συμπληρωματικά, προβάλλονται ταινίες για την εξόρυξη και διαδικασία παραγωγής των ορυκτών, ενώ στην αίθουσα προβολών, οι επισκέπτες «ταξιδεύουν» σε παλαιότερες εποχές μέσα από τις αφηγήσεις των παλαιών μεταλλωρύχων.

Το Μουσείο πραγματοποιεί οργανωμένους γεωλογικούς περιπάτους, ενώ στους χώρους του φιλοξενούνται εκπαιδευτικά προγράμματα και διοργανώνονται παιδαγωγικές και ψυχαγωγικές δραστηριότητες σε συνεργασία με εξειδικευμένους εκπαιδευτικούς φορείς και μουσειοπαιδαγωγούς. Κατά τη διάρκεια των 12 χρόνων λειτουργίας του, το Μουσείο έχει δεχθεί περισσότερους από 135.000 επισκέπτες από την Ελλάδα και το εξωτερικό, ενώ έχει εξελιχθεί σε προσφιλή προορισμό εκπαιδευτικού τουρισμού.

Πολύ κοντά στο λιμάνι του Αδάμαντα, βρίσκεται η εκκλησία της Αγία Τριάδας, η οποία φιλοξενεί και το Εκκλησιαστικό Μουσείο. Η εκκλησία αυτή, που μετρά χίλια χρόνια ζωής, χαρακτηρίζεται ως «σταυρεπίστεγη τρίκλιτη βασιλική μετά τρουλλοκαμάρας», μιας και αποτελείται από τρία κλίτη πάνω στα οποία υψώνεται κάθετα ο τρούλος στο ίδιο σχήμα με τον ναό. Αυτό το είδος εκκλησίας συναντάται πολύ σπάνια (υπάρχει μόνο άλλη μία εκκλησία, στην Πελοπόννησο, στο Λεβίδι Αρκαδίας) και είναι ένα πολύ ενδιαφέρον αρχιτεκτονικό μνημείο

Αρχικά είχε δημιουργηθεί για να λειτουργήσει ως μοναστήρι με το όνομα της Παναγίας της Θεοφανής, αλλά το 1839 την αγόρασαν Κρήτες πρόσφυγες και την έκαναν την εκκλησία του χωριού τους. Οι άκρες και τα τόξα του καμπαναριού της είναι επηρεασμένα από τα γοτθικά, ενώ τα υπέρθυρα και οι παραστάτες της είναι διακοσμημένα με γλυπτά παραδοσιακά και θρησκευτικά μοτίβα. Στην είσοδό της, στην αυλή, θα δείτε δύο ψηφιδωτά, δημιουργίες του ντόπιου καλλιτέχνη Γιάγκου Καβρουδάκη. Τα δύο αυτά χρωματιστά ψηφιδωτά χρονολογούνται το 1937 και το ένα παριστάνει έναν δράκοντα στο σχήμα της Μήλου, ενώ το άλλο την μάχη του καλού και του κακού.

Από το 2000 στην Αγία Τριάδα στεγάστηκε και το Εκκλησιαστικό Μουσείο Μήλου, στο οποίο έχετε την ευκαιρία να θαυμάσετε μεγάλο μέρος της μηλέικης καλλιτεχνικής παράδοσης και κληρονομιάς και της μηλέικης αγιογραφικής παράδοσης. Πιο συγκεκριμένα, μπορείτε να δείτε εικόνες από τον 14ο αιώνα (όπως μία σπάνια αποκαθήλωση), έργα της Κρητικής σχολής, έργα του Εμμανουήλ και Αντώνιου Σκορδίλη και των Κρητικών ζωγράφων, επιτάφιους και ξυλόγλυπτα αναλόγια, εικονοστάσια του 17ου αιώνα, τον δεσποτικό θρόνο, τα τέμπλα, ασημένια δισκοπότηρα, θυμιατά, χρυσά αφιερώματα, δαχτυλίδια, περιδέραια, σκουλαρίκια και άλλα εκθέματα υψηλής καλλιτεχνικής αξίας.