Σύμφωνα με τη μυθολογία το νησί πήρε το όνομά του από τον πρώτο του κάτοικο, τον Μήλο. Ο Μήλος σύμφωνα με το μύθο ήταν γιος Κυπριακής βασιλικής οικογένειας, που η θεά Αφροδίτη ύστερα από την αυτοκτονία των γονιών του τον έστειλε να οικήσει το νησί.

Ονοματολογικά όμως, πιθανότατα είναι μετεξέλιξη της προελληνικής λέξης «βήλος» που σήμαινε πρόβατο.

Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία η δημιουργία των Κυκλάδων αποδίδεται στον θεό Ποσειδώνα. Λέγεται ότι ο θεός της θάλασσας μεταμόρφωσε σε νησίδες τις νύμφες Κυκλάδες, όταν αυτές προκάλεσαν την οργή του.

Υπάρχουν όμως και άλλες παραδόσεις για την ονομασία τους από τη λέξη κύκλος, είτε επειδή εκτείνονται γύρω από τη Δήλο σε νοητό κύκλο είτε επειδή οι άνεμοι, που φυσούν ορμητικοί, ανάγκαζαν τα πλοία να περιστρέφονται.

Σε μυθικές μορφές αποδίδεται και η ίδρυση του κάθε νησιού ξεχωριστά, ενώ πλήθος από παραδόσεις αντικατοπτρίζουν την πολυκύμαντη ιστορία τους. Γιατί οι Κυκλάδες λόγω της γεωγραφικής τους θέσης, ανάμεσα στην ηπειρωτική Ελλάδα, την Ασία και την Αφρική, υπήρξαν σε όλη την διάρκεια της ιστορίας τους η γέφυρα για την ανάπτυξη των δρόμων του εμπορίου και την εξάπλωση του πολιτισμού.